1995年12月，全总十二届三次执委会议选举倪豪梅（女）为副主席，全总十二届执委会主席团第九次会议推选倪豪梅（女）为书记处书记。1996年12月，全总十二届执委会主席团第十四次会议推选李永海为书记处书记。1997年12月，工会总十二届五次执委会议选举徐锡澄为副主席。1997年12月，全总十二届执委会主席团第十七次会议推选徐锡澄、纪明波为书记处书记。
1998年10月19日至24日，中国工会第十三次全国代表大会在北京召开。到会代表1652名、特邀代表207名，代表全国8913万余名工会会员。江泽民、李鹏、朱�基、李瑞环、胡锦涛、尉健行、李岚清等党和国家领导人出席了开幕式。胡锦涛代表中共中央致祝词，张丁华作工作报告。朱�基作经济形势报告。尉健行致闭幕词。选举产生全总第十三届执委会委员258人、主席团成员37人。尉健行当选主席，张俊九、卢展工、李奇生、刘珩、张国祥、方嘉德、倪豪梅（女）、尤仁、王东进、徐锡澄当选副主席。推选张俊九为书记处第一书记，卢展工、李奇生、张国祥、方嘉德、倪豪梅（女）、徐锡澄、纪明波、周玉清、苏立清、董力为书记处书记。10月26日，江泽民等中央领导人接见了全总新一届领导班子成员和部分工会十三大代表并进行座谈。
2001年6月，全总十三届执委会主席团第七次会议推选孙宝树为书记处书记。2002年1月，全总十三届四次执委会议选举孙宝树、周玉清、苏立清为副主席。2002年12月，全总十三届五次执委会议通过了尉健行不再担任主席职务的决定，选举王兆国为主席。
2003年9月22日至26日，中国工会第十四次全国代表大会在北京召开。出席大会代表1698名、特邀代表252名、列席人员23名，代表全国1.34亿名工会会员。胡锦涛、吴邦国、温家宝、贾庆林、曾庆红、黄菊、吴官正、李长春、罗干等党和国家领导人出席开幕式。曾庆红代表中共中央致祝词，王兆国作工作报告。温家宝作经济形势报告。王兆国致闭幕词。大会通过了《中国工会章程（修正案）》。选举产生全总第十四届执委会委员167人、主席团成员39人。王兆国当选主席。副主席为孙春兰（2005年12月当选）、张俊九、孙宝树、周玉清、王东进、苏立清、张榕明（女）、王瑞祥、徐振寰、陈秀榕（女）、徐德明（满族）、黄彦蓉（女）；主席团委员为王玉峰、尤仁（蒙古族）、白录堂、刘文、刘玉明、汤维英、阳安江、买买提江・艾买提（维吾尔族）、杨衍银（女）、宋大涵、张立军、张宏遵、张鸣起、张春生、张秋俭（女）、陈豪、陈希明、陈荣书、赵永金、祝晏君、贾艳敏（女）、郭永平、黄四川、黄燕明、阎启俊、散襄军、董力；书记处第一书记为孙春兰（2005年12月当选），书记处书记为孙宝树、周玉清、苏立清、徐振寰、徐德明（满族）、黄彦蓉（女）、张鸣起、张秋俭（女）、陈荣书。
2008年10月20日，中华全国总工会第十五届执行委员会召开第一次全体会议，选举全总十五届执委会主席、副主席和主席团委员。王兆国当选为中华全国总工会主席。根据《中国工会章程》规定，中华全国总工会主席团由主席、副主席和主席团委员组成。孙春兰、乔传秀、徐振寰、马培华、孙宝树、陈秀榕、黄丹华、张鸣起、倪健民、王炯、陈荣书、尔肯江・吐拉洪等12位同志当选为中华全国总工会副主席；马兰翠等54位同志当选为执委会主席团委员。主席团成员产生后，接着举行的主席团第一次会议推选了书记处书记：孙春兰为第一书记，乔传秀、徐振寰、张鸣起、倪健民、王炯、陈荣书、王瑞生、李世明、喻红秋为书记处书记。
全总机关内设15个部门和机关党委。15个部门为：办公厅、组织部、宣传教育部、研究室、基层组织建设部、集体合同部、民主管理部、保障工作部、劳动保护部、经济技术部（加挂中国职工技术协会办公室牌子）、法律工作部、女职工部（加挂全国总工会女职工委员会办公室牌子）、财务部、国际联络部、全总经费审查委员会办公室。还有离退休干部局、事业发展部。
有10个全国产业工会，其中中国教科文卫体工会全国委员会、中国海员建设工会全国委员会、中国能源化学工会全国委员会、中国机冶建材工会全国委员会、中国国防邮电工会全国委员会、中国财贸轻纺烟草工会全国委员会、中国农林水利工会全国委员会为驻会全国产业工会；中华全国铁路总工会、中国民航工会全国委员会、中国金融工会全国委员会为不驻会全国产业工会。还有中共中央直属机关工会联合会、中央国家机关工会联合会。
全总直属单位有中国劳动关系学院、工人日报社、中国工人出版社、全总文工团、中国职工对外交流中心/中国职工交流中心、中国职工国际旅行社总社、中国职工之家、全总机关服务中心、中国职工电化教育中心/中国职工音像出版社。
中国工会已同全世界130多个国家和地区的400多个全国性工会组织以及国际和区域性工会组织建立了友好关系。